1、在先商标信息的不完整性和滞后性
　　商标局在商标审查中的主要依据就是检索商标局内计算机数据库中的各类信息。由于商标局每天都要收到大量的各类商标申请，而且这些申请资料都要人工一一进行分类并通过扫描输入商标局数据库，因此，各类商标申请文件从商标局接收之日到可以从计算机数据库中检索到需要一定的周期，这个信息输入周期即使在商标局内部也需长达1～3个月，对外则一般在3～6个月，这还只是商标申请本身的基本信息，也就是通常所讲的查询盲区。同样，商标局各职能处的各审查流程和环节也都存在一定的程序周期，特别是国家机关的工作效率普遍不高，而且会议多学习多其他应酬多，此外，目前绝大多数审查员都在25～35岁之间且女性居多，个人的请假也特别多，因此不同审查员之间的差异也很大，这就导致其他商标审查信息也同样存在信息的滞后和不完整情况。虽然这种商标信息的滞后和不完整情况随着这些年来商标局计算机系统的多次全面改造和工作管理上的改进，比起以前已经有了很大的改善，但不管怎样，这种现象在相当时期内是无法避免而客观存在的。
　　这种在先商标信息不完整和滞后性的后果，在某些情况下可能会造成对商标判断上的失误。即便是在商标局内部，审查员在工作中也无法避免这种信息的滞后和不完整性所造成的误判结果。

　　2、主动审查中信息来源的局限性
　　商标局主动审查中所依据的最完整、最可靠的信息就是商标局自己多年积累的商标注册和申请信息。而其他的诸如，县级以上地名、某些行业、产品信息等等都要商标局自己去逐步收集整理的，由于信息来源的被动和滞后，有所遗漏是正常现象。而对于诸如专利注册、版权登记上的信息商标局根本就不会关注，只有权利人自己在商标初审公告期三个月的被动审查中发现后，通过异议程序来维护自己的权益。
　　此外，对驰名商标的跨类保护问题，商标局对于自己在商标异议中认定驰名、对商标评审委员会在商标争议中认定的驰名，以及北京一、二中院和高院、上海等几个法院认定的驰名实施跨类保护，而对其他一些地方法院认定的驰名商标，商标局不知道也不承认也不实施跨类保护。
　　因此，商标局在实施行政主动审查中的信息来源本身就是有局限性的。其他很多的在先权益都只有通过公告异议期的被动审查来解决。

　　3、审查员的主客观差异所产生的误差
　　每个商标注册申请的审查都是通过各个审查员独立完成的，由于不同的审查员在专业范围、知识面及工作经验、责任心等方面存在着一定差异，审查结果必然会受到主客观方面多种因素的影响。针对相同类型的个案，不同的审查员、不同类别的审查员可能得出截然相反的判断结果。例如，年轻的新审查员对商标近似的判断一般比较机械、特别较真，往往审查尺度较严；另外，商标局经常会临时调整一些审查员支援某些积压文件过多的审查类别，由于不同类别所涉及的行业性质、商品/服务特点不同，其审查尺度的把握也有所不同，审查员在调整审查类别后，很容易造成审查尺度的宽严不一。
　　总的来说，商标审查属于主观性较强的工作，因此存在差异是无法避免的现象。

　　4、国家法规政策的时段性造成审查尺度的变动
　　我国自从1983年颁布商标法以来，相关的商标法律法规政策就随着市场经济的发展和新问题的出现一直处在动态发展阶段性调整之中，而且在相当一个时期内这种动态调整仍将继续，这种调整不可避免地要影响审查尺度。长期接触商标的人应该知道，很多按照过去尺度能够注册的商标，而在现在已经属于不能注册的商标，同样在过去属于不能注册的商标，现在有很多属于可以注册的。
　　尤其是我国的行政法规政策，很多情况下往往带有时代的印记，并随着时间的变化而变化。因此，不了解政策的变化和趋势，而是静态孤立地看待商标、看待审查标准，就会出现理解判断上的偏差。

　　5、不同类别的商品或服务项目在审查尺度中把握的差异
　　俗话说“东西是死的，人是活的”，这种讲法应用在商标审查上是非常贴切的。因为，商标法以及商标审查标准虽然看起来是一个统一的标准，但在实践中确可以衍生出千变万化的理解和应用。对于同一个商标而言在不同的商业行业、不同的产品和服务、不同的客户群体、不同的消费层次、不同的市场渠道、不同的销售对象、不同的使用方式、不同的地域限制……等等，对商标的识别方式、关注程度、混淆可能等也会有很大的不同。因此，在商标实质审查中，不同类别的商品或服务，甚至在同一类别的特定商品上，其审查尺度上可以有所不同。但是这种尺度的把握会有偏差，就连审查员之间有时候也有较大的差异，由此而产生的差异风险，具有不确定性，难以避免。

　　6、可能存在异议风险
　　商标异议是我国法律规定的，对已经商标局主动审查并初步审定核准的商标，以《商标公告》方式对外公开征求社会公众监督的被动审查的法定程序，任何人对初步审定核准的商标持有不同意见并有明确理由的，都可以在初步审定公告之日起3个月异议期内向商标局提出异议申请，要求撤销初步审定，驳回该商标的注册申请。
　　商标异议是法律赋予任何一个公民和企业权力，任何人只要具备基本的主体资格和适当的理由，哪怕这个理由是错误的、莫须有的、恶意的……等等，都可以在规定时间内对初步审定公告的商标提出异议。一旦商标被提异议，该商标就会自动进入漫长的异议程序中，商标局在审理中对异议人的异议理由和被异议人的答辩理由进行详细审理裁决。异议理由不成立的，该商标被核准注册，异议理由成立的，该商标将被驳回。对商标局异议裁定不服的还可以进一步进行商标异议复审，直至法院诉讼。 　　就目前异议程序的审理现状来说，商标局的异议审理期要长达3～5年，商标评审委员会的异议审理期需要3年左右，北京第一中级人民法院和北京高级人民法院的二级诉讼裁定各需要1年左右。全部程序走完最长的可达近十年左右。